Autor Téma: NavMol - molekulové vzorce pre nevidiacich  (Přečteno 2331 krát)

admin

  • Administrator
  • Newbie
  • *****
  • Příspěvků: 99
    • Zobrazit profil
NavMol - molekulové vzorce pre nevidiacich
« kdy: 11. Leden 2010, 15:52:10 »
Príspevok opisuje program NavMol, ktorý umožňuje nevidiacim za použitia čítača obrazovky čítať a vytvárať molekulové vzorce. Prvá časť obsahuje základný popis programu a kde a ako je možné program získať. Druhá časť popisuje možnosti vytvárania a čítania molekulových vzorcov vidiacimi tak, aby boli použiteľné programom NavMol. Tretia časť sa detailnejšie zaoberá možnosťami využitia programu NavMol. Posledná časť obsahuje zoznam klávesových skratiek, ktoré umožňujú nevidiacim program NavMol používať.

Kľúčové slová: program NavMol, molekulové vzorce, program Marvin, čítanie molekulových štruktúr nevidiacimi, softvér pre chemikov

Program NavMol
Program NavMol pomáha nevidiacim ľuďom s použitím čítača obrazovky (napr. JAWS) čítať a zároveň vytvárať molekulové vzorce.
Bol vyvinutý na Univerzite Nova de Lisboa v Lisabone v Portugalsku (http://www.dq.fct.unl.pt/staff/jas/navmol). Program je možné zadarmo stiahnuť zo stránok univerzity a funguje v príkazovom riadku MS-DOS alebo Linuxovom shell. Umožňuje spracovať jednoduché príkazy zadávané prostredníctvom klávesnice tak, aby nevidiaci človek dokázal pomocou čítača obrazovky prechádzať molekulárnou štruktúrou a zároveň ju aj editovať. Pracuje so súbormi typu .mol, dokáže tieto súbory otvárať a aj ukladať.

Program Marvin
Na vytváranie molekulárnych štruktúr vidiacimi môžeme použiť program Marvin od spoločnosti ChemAxon (http://www.chemaxon.com). Je to program vytvorený v programovacom jazyku Java. Pre domáce použitie je voľne dostupný, môžete si ho zadarmo stiahnuť z internetovej stránky spoločnosti. Pomocou Java Access Bridge vie daný program spolupracovať v obmedzenej miere s čítačom obrazovky JAWS.

Práca s programom NavMol
Používateľ môže v programe virtuálne prechádzať z atómu na atóm. Ak sa nachádza na konkrétnom atóme, dokáže si zistiť informácie o danom atóme a zároveň aj o susedných atómoch. Ak sa používateľ dostane na atóm, ktorý už predtým navštívil, je na to upozornený. Používateľ môže zároveň pridať nové atómy do už existujúcej štruktúry, prípadne pridať bloky atómov.

Počas práce s molekulárnymi štruktúrami môže dôjsť k nasledujúcim situáciám:

Situácia A – percepcia molekulárnych štruktúr nevidiacimi
Súbor .mol s molekulárnou štruktúrou vytvorí vidiaci používateľ v externom programe (napríklad v programe Marvin). Tento súbor si potom môže nevidiaci používateľ otvoriť v programe NavMol a prechádzať štruktúru molekúl.

Situácia B – vytváranie molekulárnych štruktúr nevidiacimi
Nevidiaci vytvorí pomocou programu NavMol molekulárnu štruktúru a tú potom uloží do súboru s príponou .mol. Vidiaci si následne môže túto štruktúru prezrieť v externom programe (spomenutý Marvin).

Klávesové skratky programu NavMol
Pri práci s programom NavMol môže používateľ pracovať s pomocou nasledovných klávesových skratiek:

Navigácia
Na prechod na konkrétny atóm sa používa ID atómu (číslica 1, 2, 3, ...)
Písmeno x pred atómom indikuje, že daný atóm bol už navštívený.
Na získanie informácií o susedných atómoch slúžia klávesy q, w, e, r, t, y (najviac 6 susedných atómov).
Ak získavame informácie o susedných atómoch, písmeno j indikuje, že daný susedný atóm bol navštívený tesne pred atómom, na ktorom sa práve nachádzame.
Ak chceme získať informáciu o atóme, na ktorom sa práve nachádzame, stlačíme kláves a.
Na vymazanie pamäti programu (nebudú napríklad podávané informácie o už navštívených atómoch) stlačíme kláves 0.
Ak chceme ukončiť prácu s programom, stlačíme kláves x.

Editovanie
Nový atóm pridáme pomocou vzorca + A B C kde A je sila väzby (1, 2 alebo 3), B je chemický symbol nového atómu a C je mocnosť nového atómu.
Väzbu medzi dvoma existujúcimi atómami (užitočné pri uzatváraní kruhu) môžeme pridať napísaním l A B C, kde A a C sú ID atómov, ktoré majú byť väzbou spojené a B je sila väzby.
Benzénový kruh môžeme k atómu pridať stlačením klávesu b.
Vymazať posledný atóm (ak má posledný atóm len jedného suseda) alebo vymazať poslednú väzbu (ak väzba spája dva atómy, z ktorých každý má viac ako dvoch susedov) môžeme klávesom -.
Molekulárnu štruktúru môžeme uložiť napísaním s meno_súboru.

Zdroje:
Peter Teplický
admin fóra ÚNSS
mail: peter(bodka)teplicky(zavinac)unss(bodka)sk